El ex Hospital Regional de Punta Arenas fue creado como Hospital de la Caridad en 1906, dada la inexistencia de un Hospital en una ciudad que crecía sustancialmente en población y como principal ciudad de la Patagonia. Fue  la Fundación de Beneficencia, y del gobernador de la época don Carlos Bories quienes fueron los impulsores de la construcción del centro de salud. En sus inicios  el edificio se encontraba en la manzana 92 , comprendida entre las calles Atacama (actual Bories), Magallanes, Sarmiento y Progreso (actual Croacia), Punta Arenas.

El continuo crecimiento de la ciudad y por ende, una mayor demanda en salud, llevó al cabo de algunos años  la necesidad de construir un nuevo Hospital en la calle Angamos, trasladándose a ese edificio en Marzo de 1953. Para luego, en Abril de 1982 anexar una construcción de cinco pisos, mucho más moderna para la época.

Pero el salto sustancial en cuanto a equipo humano,  infraestructura  modernidad fue el 4 de octubre del año 2011,  el Presidente Sebastián Piñera Echenique inaugura  el Hospital Clínico Magallanes, centro de alta complejidad y el más importante del extremo sur de Chile.

Con una superficie total de  44.277,84 m.2 de construcción, insertos en un terreno de 6.4 Ha, el Hospital Clínico Magallanes constituye el principal centro asistencial de la región de Magallanes y la Antártica Chilena.

Clasificado como tipo 2, presta atención terciaria de alta complejidad en algunas áreas que lo asimilan a un hospital tipo 1. De ello deriva que el 85% de todas las actividades del Servicio Salud Magallanes tengan su origen en este Hospital.

No obstante, el continuo aumento de la demanda en salud, las nuevas tecnologías diagnósticas y terapéuticas, y la mayor expectativa de vida de la población, llevaron a las autoridades de salud a plantear la necesidad de asumir el desafío de responder de forma adecuada a la brecha existente en la atención en salud de la Región. Es así como en el año 2000 se firmó un histórico Convenio de Programación entre el Ministerio de Salud y el Gobierno Regional , que ha significado la incorporación de equipamiento con tecnología de punta y que llevará en los próximos años a contar con un nuevo Hospital, acorde a las necesidades de salud de nuestra población, y que lidere la Red Asistencial, actuando como eje fundamental en la articulación de ésta.

El año 2017 más de 1.300 millones de pesos fueron aprobados por el Gobierno Regional de Magallanes,para la adquisición de nuevo equipamiento del Hospital Clínico, equipos que incidirán en una mayor resolutividad, mejor atención para sus pacientes y mayor satisfacción usuarias.